کتاب بیست فصل دارد. عناوین فصول اول تا دهم کتاب به ترتیب به این شرح است: «تولد دوباره ایران در سایه تشیع»، «تحولات سیاسی ایران از صفویه تا قاجاریه»، «از تأسیس قاجاریه تا پایان سلطنت فتحعلی‌شاه»، «جنگ‌های ایران و روس و پیامدهای تلخ آن»، «اوضاع ایران از عهدنامه ترکمانچای تا انقلاب مشروطه»، «نوگرایی در عصر قاجار»، «امتیازها و قراردادهای استعماری در دوره قاجار»، «ملاک خدمت و خیانت بر اساس موازنه مثبت و منفی در تاریخ تحولات ایران»، «نهضت تحریم تنباکو و اعلای کلمه ملت» و «نهضت مشروطیت ایران؛ از مقدمات تا به توپ بستن مجلس».
همچنین عناوین فصول یازدهم تا بیستم کتاب نیز به ترتیب از این قرار است: «تحولات سیاسی و اجتماعی ایران در عصر مشروطه»، «جریان شناسی عصر مشروطیت ایران»، «فراماسونری و انجمن‌های مخفی در ایران»، «ایران از جنگ جهانی اول تا کودتا»، «پادشاهی یک قزاق؛ از کودتای ۱۲۹۹ تا شهریور ۱۳۲۰»، «مسائل فرهنگی و اجتماعی دوره پهلوی اول»، «از اشغال ایران تا خروج متفقین»، «فراز و فرود از نهضت ملی شدن نفت تا کودتای ۲۸ مرداد ۱۳۳۲»، «نهضت پانزده خرداد ۴۲ و طلیعه عصر جدید» و «طلوع انقلاب اسلامی و افول حکومت پهلوی».
کتاب «تاریخ معاصر ایران» در مقایسه با دیگر کتب تاریخ معاصر، به صورتی مختصر و با زبانی روان، به روایت تاریخ پرداخته‌اند. موسی نجفی و موسی حقانی تاریخ معاصر ایران را از لحاظ زمانی کمی گسترده‌تر از دویست یا سیصد سال اخیر دیده و بررسی تاریخ معاصر ایران را دوره صفویه می‌بینند. رصد تاریخی آنها باعث شده تا روایت تاریخ معاصر صرفاً به صورت نقلی نبوده و در حیطه تاریخ تحلیلی وارد شود. همچنین کار دیگر آنها روایت اندیشه‌های سیاسی در تاریخ معاصر است.
مطرح کردن ریشه‌های تاریخی مسائل و مفاهیمی چون بیداری اسلامی، اقتصاد مقاومتی، فراماسونری و انجمن‌های مخفی از دیگر مباحث مطرح شده در این کتاب است.
نویسندگان همچنین فراز و فرودها و حکایت‌های مهم تاریخی را نیز در قالب بخش‌هایی چون «برگ زرین»، «عبرت و طنز تاریخی»، «بیشتر بدانید»، «برگی از تاریخ» به مخاطب یاد آوری کرده‌اند. این ویژگی یکی از امتیازات این کتاب است. همچنین آوردن مطالب خلاصه شده در قالب جدول، بیان حکایت‌های نغز تاریخی در خلال مباحث نیز از دیگر ویژگی‌های این کتاب است.
نویسندگان در قسمتی از مقدمه خود بر این کتاب نوشته‌اند: «سعی ما در نگارش این کتاب بر این نکته متمرکز بوده است که راهی هرچند کوتاه بر عمق تاریخ قرون اخیر ایران زده و مسائل را در این نقب فکری – تاریخی مورد بررسی قرار دهیم. مشکل بزرگ در فهم تاریخ ایران این است که تحلیلی کلی و نگاهی که بتواند نسبت‌ها و ارزش‌ها و شاخص‌ها را با هم بسنجد کمتر وجود دارد و این اثر سعی نموده مروری کلی بر این مهم داشته باشد.»