حجت الاسلام والمسلمین سید صادق محمدی با بیان چند نکته مهم درباره تقابل علم و دین، تاثیر دعا و نیایش را در سلامت روح و جسم انسان امری مسجل و تجربه شده خواند.
این دیدگاه علم و دین را ناسازگار و رقیب یکدیگر می‌داند. به این معنا که علم نمی‌تواند دستاوردهای دین را بپذیرد و دین هم نمی‌تواند خود را با نتایج علم و نظریات آن همراه سازد. هنگام پیداشدن چنین تعارضی باورمندان دینی نظر دین، و علم گرایان نظر علم را مقدم می‌شمارند. نمونه این ویکرد در مواجهه با نظریه تکامل به چشم می‌خورد.
قرآن عقل و ایمان را نفی کننده یکدیگر نمی‌داند. بلکه در دیدگاه اسلامی به هردو در زندگی انسان نیاز است. علم و ایمان «همزاد» یکدیگرند. انسان دو منبع الهام و معرفت دارد: یکی دین و دیگری علم و عقل و فلسفه. یکی از مشکلات عصر حاضر علم بدون ایمان است و یگانه دوای درد انسان معاصر، نیاز توامان به علم و ایمان و پرواز با این دو بال است. علم و پیشرفت‌های علمی به اساس دین که توحید است نه تنها ضربه نزده بلکه آن را تقویت نموده است. هرجا پای عقل یا علم و فکر بشر یا حس و تلاش او نرسد خداوند به وسیله پیامبران او را راهنمایی می‌کند. علم و دین در موضوعات فراوانی به یکدیگر کمک کرده یا حرف هردو یکی بوده است. دین هدف زندگی و جهت‌گیری حیات آدمی را روشن می‌سازد و علم هویت ابزاری دارد. بشر، علم را همچون ابزاری برای هدف‌های خویش استفاده می‌کند اما در تشخیص اینکه هدف بشر چیست و چه باید باشد علم نمی تواند کمکی کند
امام خمینی (ره) با اشاره به سازگاری احادیث و علم معتقدند اگر حدیثی با علم قطعی یعنی علمی که با برهان ثابت باشد نسازد کنارگذارده می‌شود. اما یادسپاری این نکته نیز لازم است که قبل از حکم به تضاد علم و نقل، ابتدا باید از صحت فهم خود از مراد گوینده مطمئن شویم. دربسیاری از احادیث عباراتی موجود است که مقصود اصلی آن روشن نیست همانطورکه در قرآن کریم نیزچنین است.
توجه به علم و اهمیت دادن به آن به معنای قبول دربست و بی‌چون و چرای آن نیست، زیرا علم و عقل بشری به رغم ارزش و اعتبار فراوان از چندین جهت دارای محدودیت است. از جمله: ناتوانی در ارائه یک راه حل کلی و همه جانبه برای سعادت انسان، ضعف در کشف ذاتیات اشیاء و رسیدن به حدتام ، ناتوانی درمداوای همه دردهای انسان، ناتوانی در حفظ و پشتیبانی حدود و ارزش های انسانی مثل اخلاق و حقوق ، عدم امکان اظهار نظر و پاسخ به مسائل اساسی مربوط به جهان و ارائه شناختی پایدار و قابل اعتماد که ارزش نظری و واقع‌نمایانه داشته باشد نه صرفاً عملی و فنی، و بالاخره ناتوانی درگزارش ازجهان پس از مرگ.
پس از مشخص شدن تعامل و همکاری علم و دین و محدودیت های علم توجه به چند نکته نیز ضروری است:
۱- تجربه و علم تنها می‌تواند در مسیری که در دسترس مشاهده وآزمون اوست اظهار نظر کند. اما در مورد دیگر مسائل به ویژه مسیر غیرتجربی که اساساً از دسترس حس وتجربه دور است سخنی ندارد.
۲- زبان تحقیقات علمی تنها زبان اثبات است و تنها می‌تواند مدعای خود را اثبات کند. اما هیچگاه ادعای انحصاری در این زمینه ندارد. مثلا علم یک آسمان را کشف نموده اما شش آسمان دیگر را انکار نکرده است. عدم توجه به این نکته که دانش تجربی لسان حصر ندارد ؛ گاهی موهم تعارض در برخی یافته های علمی با متون دینی است. اگر عقل حسی و تجربی در سایه مشاهدات و تجارب عملی به کشف رابطه‌ای خاص میان دو چیز دست یافت و اطمینان عقلایی پیداکرد که برای پدیدآمدن پدیده «الف» مثلاً فلان مراحل خاص طی می‌شود، نمی‌تواند بگوید که راه دیگری برای پدیدآمدن «الف» وجود ندارد و تنها طریق انحصاری پیدایش آن همان طریقی است که تجربه نشان داده است. به عنوان نمونه گرچه تجربه می‌تواند همه مراحل پیدایش فرد انسانی را از طریق توالد از پدر و مادر تبیین کند اما نمی‌تواند خلقت عیسی را بدون پدر ناممکن دانسته و یا خلقت آدم را بدون دخالت والدین انکار کند یا راه را بر سایر کرامات و معجزات ببندد.
۳- همچنین مقصود از علم، فرضیه های اثبات نشده ای که دانشمندی آن را ساخته و پرداخته نیست. فرضیه‌های علمی تا وقتی که به حد قطع یا اطمینان عقلایی نرسیده حکایت قابل اعتمادی از واقع ندارند.
۴- عقل همواره از بین دلیل یقینی و دلیل غیریقینی، دلیل یقینی را مقدم می‌کند. از این‌رو اگر میان یک یافته علمی که با استقراء تجربی حاصل شده و دلیل نقلی که جهت دلالت و صدور آن قطعی و یقینی باشد تعارضی رخ دهد با توجه به غیریقینی بودن استقراء، دلیل نقلی مقدم می‌گردد. زیرا روش علم تجربی تنها مفید ظن و اطمینان است و دستاوردهای آن نمی تواند با یقینیات و ضروریات دین معارضه کند.
این خود حاکی از بکار نگرفتن روش کامل و صحیحی برای فهم طبیعت در اینمورد خاص و مغفول ماندن بسیاری عوامل مادی یا غیرمادی است، چرا که درصورت صحت به‌کارگیری روش تجربی نباید تعارضی با روش نقلی موجود باشد.
پس از مشخص شدن تعامل و همکاری علم و دین و محدودیت های علم توجه به چند نکته نیز ضروری است:
۱- تجربه و علم تنها می‌تواند در مسیری که در دسترس مشاهده وآزمون اوست اظهار نظر کند. اما در مورد دیگر مسائل به ویژه مسیر غیرتجربی که اساساً از دسترس حس وتجربه دور است سخنی ندارد.
۲- زبان تحقیقات علمی تنها زبان اثبات است و تنها می‌تواند مدعای خود را اثبات کند. اما هیچگاه ادعای انحصاری در این زمینه ندارد. مثلا علم یک آسمان را کشف نموده اما شش آسمان دیگر را انکار نکرده است. عدم توجه به این نکته که دانش تجربی لسان حصر ندارد ؛ گاهی موهم تعارض در برخی یافته های علمی با متون دینی است. اگر عقل حسی و تجربی در سایه مشاهدات و تجارب عملی به کشف رابطه‌ای خاص میان دو چیز دست یافت و اطمینان عقلایی پیداکرد که برای پدیدآمدن پدیده «الف» مثلاً فلان مراحل خاص طی می‌شود، نمی‌تواند بگوید که راه دیگری برای پدیدآمدن «الف» وجود ندارد و تنها طریق انحصاری پیدایش آن همان طریقی است که تجربه نشان داده است. به عنوان نمونه گرچه تجربه می‌تواند همه مراحل پیدایش فرد انسانی را از طریق توالد از پدر و مادر تبیین کند اما نمی‌تواند خلقت عیسی را بدون پدر ناممکن دانسته و یا خلقت آدم را بدون دخالت والدین انکار کند یا راه را بر سایر کرامات و معجزات ببندد.
۳- همچنین مقصود از علم، فرضیه های اثبات نشده ای که دانشمندی آن را ساخته و پرداخته نیست. فرضیه‌های علمی تا وقتی که به حد قطع یا اطمینان عقلایی نرسیده حکایت قابل اعتمادی از واقع ندارند.
۴- عقل همواره از بین دلیل یقینی و دلیل غیریقینی، دلیل یقینی را مقدم می‌کند. از این‌رو اگر میان یک یافته علمی که با استقراء تجربی حاصل شده و دلیل نقلی که جهت دلالت و صدور آن قطعی و یقینی باشد تعارضی رخ دهد با توجه به غیریقینی بودن استقراء، دلیل نقلی مقدم می‌گردد. زیرا روش علم تجربی تنها مفید ظن و اطمینان است و دستاوردهای آن نمی تواند با یقینیات و ضروریات دین معارضه کند.
این خود حاکی از بکار نگرفتن روش کامل و صحیحی برای فهم طبیعت در اینمورد خاص و مغفول ماندن بسیاری عوامل مادی یا غیرمادی است، چرا که درصورت صحت به‌کارگیری روش تجربی نباید تعارضی با روش نقلی موجود باشد.